A Secretaria Municipal de Administração tem a missão geral de planejar, coordenar, normatizar e executar os sistemas de administração da Prefeitura de São Pedro da Cipa, MT. 
Cabe à Secretaria de Administração funções essenciais como a modernização da estrutura organizacional e dos métodos de trabalho;

Racionalização do uso de bens e equipamentos; recrutamento, seleção, treinamento, pagamento e controle funcional e financeiro de pessoal; 

Controle do material permanente e de consumo; 

Conservação dos bens móveis e imóveis e manutenção do transporte oficial. 

Também é função da Secretaria Municipal de Administração:

 - Contribuir, coordenar e cumprir o Plano de Ação do Governo Municipal e os programas gerais e setoriais inerentes à Secretaria. 

- Garantir a prestação de serviços municipais de acordo com as diretrizes de Governo. 

- Propor políticas sobre a administração de pessoal. - Administrar o Plano de Cargos e Salários. 

- Fazer cumprir as Leis Orçamentárias (Plano PluriAnual, Lei de Diretrizes Orçamentárias e Lei Orçamentária Anual). 

- Organizar e coordenar programas e atividades de capacitação e desenvolvimento dos recursos humanos. 

- Promover a inspeção da saúde dos servidores para efeito de admissão, licença, aposentadoria e outros fins legais e a divulgação de técnicas e métodos de segurança e medicina do trabalho. 

- Elaborar e implantar normas e controles referentes à administração do material e do patrimônio. 

- Implantar normas e procedimentos para o processamento de licitações destinadas a efetivar compra de materiais. 

- Elaborar normas e promover atividades relativas ao recebimento, distribuição, controle do andamento, triagem e arquivamento dos processos e documentos em geral. 

- Coordenar os serviços internos da Prefeitura Municipal em geral. 

- Coordenar e controlar os serviços de transporte interno. 

- Assessorar os órgãos da Prefeitura em assuntos administrativos referentes a pessoal, arquivo, patrimônio e comunicações administrativas. 

- Supervisionar, prover e determinar os serviços da Assessoria Jurídica.